婴幼儿肝病所致风疹或巨细胞病毒很可能发展一种脑感染，可能造成智力迟钝或脑瘫。该类婴幼儿之中的许多也将由于肝病破坏引起的永久性的肝细胞损害，造成疤痕(肝硬化)。
大多数婴幼儿巨细胞病毒性肝炎可以痊愈，少许或者完全没有疤痕。对肝脏来说，伴随着胆汁流动的改善，它的成长亦会逐渐正常。可是，大概20%的婴幼儿由于遭受肝病的影响，将继续以发展为慢性(进行性)肝病和肝硬化。这一类孩子的肝脏将会由于疤痕而变硬，并且六个月以下大的婴幼儿的黄疸会不消退，最后符合这一类症状的婴幼儿将需要进行肝脏移植。
婴幼儿慢性肝炎新生儿因为缺乏胆汁将无法消化脂肪，吸收脂溶性维生素(A，D和E及K)，而且伴有肝细胞损伤。缺乏维生素D会引起骨质疏松与软骨发育欠佳(佝偻病)。欠缺维生素A会影响正常生长和视力。维生素K欠缺会有易青紫及出血倾向，而缺少维生素E会引起婴幼儿协调性变差。因为胆汁负责消除在身体的很多毒素，因而婴幼儿慢性肝炎也极有可能导致血液中积聚毒素，从而造成瘙痒，皮疹和过敏。
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