在慢性乙肝中，如果转氨酶明显升高，可能表示明显激活的免疫活性，活动后常有大量病毒清除和长时病变静息。慢性肝炎病例血清转氨酶恢复正常，并不标志感染的清除，也不与病毒水平相关。转氨酶有时可预示病变趋势，如慢性肝病病人转氨酶不甚高，但长期病毒血症持续;而AHB病人转氨酶很高，短期内可清除病毒恢复。
从AHB或CHB个例的疾病发展过程观察，急性活动的转氨酶峰值之后，血清HBV-DNA常比活动之前下降，转氨酶升高的幅度与病毒水平下降的幅度成比例。慢性肝炎在一次急性活动病毒降低后可能随之病毒大量清除，当炎症缓解后病毒水平又逐渐升高;也有少数病例在一次急性活动病毒降低后趋向恢复。
因而，转氨酶水平仅反映个体对病毒的免疫清除强度，转氨酶波动可能与病人的免疫应答一致，免疫应答决定感染的持续或清除。
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